I canonici lateranensi, ai quali si rendeva necessaria una nuova sede dopo l’abbandono della chiesa extraurbana di Santa Maria in Porto Fuori, dovuto ai contrasti con i dominatori Veneziani, completarono la costruzione del monastero, oggi sede del Museo d’Arte della città, all’inizio del XVI secolo a cui seguì. la costruzione della nuova chiesa realizzata fra il 1554 e il 1557 su progetto di Bernardino Tavella (XVI secolo). La facciata, in pietra d’Istria, fu modificata in stile neoclassico nella seconda metà del XVIII secolo su progetto di Camillo Morigia (1743-1795).
Nel transetto della chiesa è conservato, il bassorilievo di marmo della Madonna Greca in atteggiamento orante proveniente dalla Basilica di S. Maria in Porto Fuori, e oggetto da sempre di grande venerazione in città: il suo culto è dovuto, secondo la tradizione, all’apparizione dell’immagine sacra sulla costa di Porto Fuori nell’anno 1100: la relativa ricorrenza si celebra la prima domenica dopo Pasqua. Oltre alle pregevoli decorazioni in stile barocco, gli interni conservano opere di Ippolito Scarsella, Cesare Corte, Palma il Giovane, Francesco Longhi, Giovanni Barbiani, Andrea Barbiani e Giovanni Battista Barbiani.